Auch für jene Enzyme, die noch gar nicht entdeckt sind, entschloss sich der deutsche Gesetzgeber zu einer pauschalen Zulassung. Die EU arbeitet daran, die Verwendung von Enzymen endlich nachvollziehbar zu regeln. Eine Kennzeichnung ist nur für solche Enzyme vorgesehen, die im Endprodukt noch eine technologische Funktion erfüllen. Da das die Minderheit ist, werden Verbraucher bezüglich des Enzymeinsatzes zukünftig auch weiterhin im Dunkeln tappen. Die Einsatzmöglichkeiten von Enzymen sind bisher kaum überschaubar, eine Deklaration findet in aller Regel nicht statt. Sie werden überwiegend aus gentechnisch bearbeiteten Mikroorganismen gewonnen; Verbraucher erfahren dies nicht.
Da man Enzyme für gewöhnlich nicht pur verwendet, werden allerlei Zusatzstoffe ins Lebensmittel verschleppt ("Carry over"), wie Konservierungsmittel, Äthylenglykol, Propylenglykol oder Sulfit. Zur mikrobiellen Sicherheit werden Enzyme nicht selten bestrahlt. Zudem enthalten die meisten Enzyme sogenannte "Nebenaktivitäten", das heißt je nach Herkunft und Extraktionsbedingungen weitere Enzyme, die die toxikologische Prüfung des reinen Enzyms nicht mit erfasst.
Die toxikologischen Probleme von Enzymen sind vielfältig und hängen in der Regel vom Herstellungsprozess ab. Viele Enzyme werden aus Schimmelpilzen, Bakterien oder den Drüsen von Schlachtvieh gewonnen. Dies bedingt ein prinzipielles Risiko der Einschleppung von Mykotoxinen, Endotoxinen oder pathogenen Keimen. Da die empfindlichen Enzyme sehr schonend behandelt werden müssen, ist die Gefahr einer Verunreinigung höher als bei anderen Produkten. Als reaktive Eiweiße enthalten sie ein deutliches allergenes Potenzial, das nicht immer durch eine Erhitzung ausgeschaltet wird.
